Se sabe de cierto que era un gran nadador y salvó a dos niños de morir ahogados, y su brillante carrera de marino está bien documentada. Pero existen muchos retazos de su vida muy opacos y sus biógrafos oficiales han procurado orillarlos incluyendo su pertenencia a la Masonería, su misoginia enfermiza y su fallecimiento sospechoso.
El caso es que, en efecto, a principios de la década de los cincuenta fue destinado a Filipinas y allí, además de alcanzar justa fama por mantener a raya a los piratas de Mindanao, junto a otro joven oficial llamado José Malcampo que, andando el tiempo acabaría presidiendo brevemente el Gobierno y ostentando la cartera de Marina, fundó la primera logia masónica de ese país. Ambos se hicieron grandes amigos y ejerciendo Malcampo el cargo de gobernador del país, otorgó carta de naturaleza a una nueva ciudad creada en la provincia de Cavite a la que bautizó Méndez Núñez Town en recuerdo de su camarada de armas. Paradójicamente, el José Malcampo gobernante de Filipinas, fue el más encarnizado enemigo de las logias masónicas que él mismo había fundado.
